Laboratorium Spektrometrii Mas (LW-07)
Wydział Chemii UWr.
mzmine
mzmine to oprogramowanie typu open source do przetwarzania i wizualizacji danych spektrometrii mas (MS) obsługujący wiele formatów danych w tym formaty otwarte, takie jak mzML, oraz kilka typów plików specyficznych dla danego dostawcy (w tym Bruker .tsf i .baf). Obsługiwane są dane z różnych konfiguracji sprzętowych, takich jak LC-MS, LC-IMS-MS, GC-MS, a nawet MALDI-(IMS-)-MS. Interaktywne narzędzia wizualizacyjne umożliwiają płynne przeglądanie zarówno danych surowych, jak i przetworzonych wyników. Zachęcamy do pobrania i korzystania:
https://mzmine.github.io/mzmine_documentation/getting_started.html
__________
mzmine is an open-source and platform-independent software for mass spectrometry (MS) data processing and visualization that supports multiple raw data formats, including open formats such as mzML and several vendor-specific file types (e.g. Bruker .baf and .tsf files). Data from various instrumental setups, such as LC-MS, LC-IMS-MS, GC-MS, and even MALDI-(IMS-)-MS is supported:
https://mzmine.github.io/mzmine_documentation/getting_started.html
MarvinSketch
Zaawansowany edytor wzorów chemicznych. Posiada liczne moduły obliczające m.in. energie konformerów. Doskonale radzi sobie z nazewnictwem nawet bardzo złożonych związków. Program wymaga licencji, którą można uzyskać wypełniając wniosek na stronie.
ProteoWizard
Program ProteoWizard zawiera m.in. moduł MSConvert, który konwertuje pliki .baf do formatu .mzXML, co pozwala na ich analizę przy użyciu darmowego oprogramowania dostępnego w Internecie (w tym także na stronach LW-7). Z kolei moduł SeeMS pozwala oglądać widma zapisane w różnych formatach bez konieczności ich konwertowania.
mMass
Program pozwala na przeglądanie i analizę widm masowych zapisanych w różnych formatach (czyta m.in. pliki mzXML uzyskiwane w wyniku konwersji plików .baf programem CompassXport). Ma kilka b. pożytecznych funkcji (m.in. korzystanie z zewnętrznych baz danych sekwencji białkowych, przewidywania fragmentacji peptydów, itp.).
https://github.com/xxao/mMass-Dist/blob/main/v5.5.0/mmass_v5.5.0_msw.zip
ChemSketch Freeware
ChemSketch to bezpłatna (do zastosowań nie komercyjnych) alternatywa dla pakietu ChemOffice. Umożliwia między innymi tworzenie dwu i trójwymiarowych wzorów, wyposażony jest również w bardzo bogate bazy wzorów oraz grup funkcyjnych. Za pomocą programu ChemSketch można przygotować również atrakcyjnie wyglądające animowane modele 3D wzorów strukturalnych. Program akceptuje pliki z ChemOffice (ChemDraw). Liczy m.in. masy cząsteczkowe zwiąkzów oraz ich fragmentów ("nożyczki MS").
Możliwości programu są jednak znacznie szersze także dzięki szeregu dodatkowych modułów jakie można do niego bezpłatnie doinstalować. Program na pewno przyda się chemikom i studentom kierunków chemicznych.
W ramach jednolitego systemu przechowywania/udostępniania elektronicznych wyników pomiarów z laboratoriów wydziałowych istnieje możliwość pobierania danych pomiarowych z Laboratorium Spektrometrii Mas. Dostęp do plików możliwy jest głównie poprzez protokół ftp (w tym bezpieczny wariant wykorzystujący szyfrowane połączenie z wykorzystaniem mechanizmu TSL/SSL: połączenia typu ftps lub ftpes):
- serwer: labs.chem.uni.wroc.pl
- użytkownik: Ten adres pocztowy jest chroniony przed spamowaniem. Aby go zobaczyć, konieczne jest włączenie w przeglądarce obsługi JavaScript.
- hasło: identyczne jak do poczty wydziałowej
Dane pomiarowe można także pobierać korzystając z serwera FTP. Jest to zalecany i preferowany sposób odbioru widm, zwłaszcza jeśli ktoś często zleca wykonanie większej ilości pomiarów. Aktualne adresy IP, wraz z numerami portów, służące do połączeń FTP:
- Shimadzu IT-TOF: 192.168.0.140:50008
- Shimadzu qTOF: 192.168.0.141:50013
Warunkiem skorzystania z tej możliwości jest posiadanie konta na serwerze (osobne konto dla każdego z aparatów). Osoby zainteresowane prosimy o kontakt z dr Markiem Cebratem (tel. 7-151, pok. 253B).
