mzmine - program do wizualizacji i obróbki widm MS

  • Drukuj

Szanowni Państwo,
mzmine to oprogramowanie typu open source do przetwarzania i wizualizacji danych spektrometrii mas (MS) obsługujący wiele formatów danych w tym formaty otwarte, takie jak mzML, oraz kilka typów plików specyficznych dla danego dostawcy (w tym Bruker .tsf i .baf). Obsługiwane są dane z różnych konfiguracji sprzętowych, takich jak LC-MS, LC-IMS-MS, GC-MS, a nawet MALDI-(IMS-)-MS. Interaktywne narzędzia wizualizacyjne umożliwiają płynne przeglądanie zarówno danych surowych, jak i przetworzonych wyników. Zachęcamy do pobrania i korzystania:
https://mzmine.github.io/mzmine_documentation/getting_started.html 

__________

Dear users,
mzmine is an open-source and platform-independent software for mass spectrometry (MS) data processing and visualization that supports multiple raw data formats, including open formats such as mzML and several vendor-specific file types (e.g. Bruker .baf and .tsf files). Data from various instrumental setups, such as LC-MS, LC-IMS-MS, GC-MS, and even MALDI-(IMS-)-MS is supported:
https://mzmine.github.io/mzmine_documentation/getting_started.html 

Regulamin pracowni

  • Drukuj

Regulamin Laboratorium Spektrometrii Mas na Wydziale Chemii Uniwersytetu Wrocławskiego 

 

Laboratorium Spektrometrii Mas realizuje pomiary zarówno dla pracowników Wydziału Chemii UWr w celu umożliwienia prowadzenia badań naukowych, zajęć dydaktycznych, szkoleń doktorantów i pracowników, jak i płatne badania komercyjne.  

 

1. Wykonywane analizy 

W laboratorium wykonywane są pomiary rutynowe (przez operatora): 

  1. WysokorodzielczeESI-MS (spektrometr BrukerCompact) 

  1. WysokorodzielczeESI-MS/MS (spektrometr BrukerCompact) 

 

 

2. Czas pracy urządzeń 

Wysokorozdzielczy spektrometr mas BrukerCompact dostępny jest dla użytkowników zlecających pomiary w czasie pracy operatora z wyjątkiem prac konserwacyjnych czy serwisowych. 

Rezerwacja pomiarów przez użytkowników przeszkolonych odbywa się za pomocą formularza dostępnego na stronie internetowej Laboratorium: 

(http://mslab.chem.uni.wroc.pl/rezerwacja-pomiarow/day.listevents/2021/02/16/-.html). 

 

3. Zasady użytkowania urządzeń 

Wysokorozdzielcze pomiary ESI-MS (spektrometr BrukerCompact) wykonywane są przez operatora. Samodzielne wykonywanie analiz możliwe jest wyłącznie po przeszkoleniu. W celu jego przeprowadzenia należy skontaktować się z kierownikiem Laboratorium (Ten adres pocztowy jest chroniony przed spamowaniem. Aby go zobaczyć, konieczne jest włączenie w przeglądarce obsługi JavaScript." target="_blank" rel="noreferrer noopener" style="margin: 0px; padding: 0px; user-select: text; -webkit-user-drag: none; -webkit-tap-highlight-color: transparent; color: inherit;">Ten adres pocztowy jest chroniony przed spamowaniem. Aby go zobaczyć, konieczne jest włączenie w przeglądarce obsługi JavaScript.). Dopuszcza się przebywanie na pracowni osoby zlecającej pomiary w obecności operatora.  

 

4. Uprawnienia i obowiązki operatora: 

Bieżąca obowiązki operatora obejmują: 

  1. Wykonywanieanaliz 

  1. Kalibracja aparatury 

  1. Konserwacjaidrobnenaprawy 

  1. Dbanie o czystość aparatury i pracowni 

 

 

5. Współpracaoperatora z użytkownikami 

  1. Wykonywanie pomiarów zleconych zgodnie z wytycznymi użytkownika  

  1. Przygotowanie próbek dostarczonych przez użytkownika do analizy 

  1. Przygotowanieplikuwynikowegoużytkownika 

  1. Wykonywanie analiz w obecności użytkownika  

  1. Informowanie użytkowników o sposobie przygotowania próbki do pomiarów, możliwości wykonania analizy 

  1. Wyjaśnieniejakościuzyskanychwyników  

 

6. Pomiary zlecone 

Pomiary zlecone wykonywane są przez operatora po wypełnieniu formularza dostępnego na stronie internetowej pracowni (http://mslab.chem.uni.wroc.pl/) oraz dostarczenia próbek do Laboratorium. 

 

7. Samodzielne wykonywanie pomiarów 

Samodzielne wykonywanie analiz możliwe jest wyłącznie po przeszkoleniu. W celu jego przeprowadzenia należy skontaktować się z kierownikiem Laboratorium (Ten adres pocztowy jest chroniony przed spamowaniem. Aby go zobaczyć, konieczne jest włączenie w przeglądarce obsługi JavaScript." target="_blank" rel="noreferrer noopener" style="margin: 0px; padding: 0px; user-select: text; -webkit-user-drag: none; -webkit-tap-highlight-color: transparent; color: inherit;">Ten adres pocztowy jest chroniony przed spamowaniem. Aby go zobaczyć, konieczne jest włączenie w przeglądarce obsługi JavaScript.).  

 

8. Przygotowanie i dostarczenie próbek 

Próbki w postaci ciał stałych lub cieczy należy dostarczyć w odpowiednio zabezpieczonych  
i opisanych probówkach Eppendorfa lub fiolkach szklanych. Opis naczyń, w których znajdują się próbki musi być jednoznaczny, czytelny i identyczny z przedstawionym na zleceniu pomiaru. W przypadku niskiej stabilności próbki pomiary należy wcześniej ustalić  
z operatorem lub kierownikiem Laboratorium. W Laboratorium istnieje możliwość bezpośredniego przygotowania próbek do analiz w miejscu do tego przystosowanym  
i odpowiednio oznaczonym oraz wyposażonym w pipety automatyczne, końcówki do pipet, probówki Eppendorfa, fiolki szklane, rozpuszczalniki. W pracowni obowiązuje sortowanie odpadów chemicznych (plastik, szkło, odpady zmieszane, rękawiczki).  

Do pomiaru ESI-MS przyjmowane są substancje dobrze rozpuszczalne i tworzące jony  
w lotnych rozpuszczalnikach, takich jak woda, metanol, kwas octowy, tetrahydrofuran, chloroform, dichlorometan, acetonitryl oraz ich mieszaniny. Roztwory 10-50 μg/100μL można dostarczać w jak najmniejszych fiolkach w objętościachmin. 300 μL.  

Zleceniodawca jest zobowiązany do przekazania operatorowi informacji o ewentualnej toksyczności analizowanej próbki i o warunkach jej przechowywania. Substancje promieniotwórcze nie będą przyjmowane do badań. 

Zleceniodawców uprasza się o poinformowanie i dostarczenie kierownikowi pracowni cyfrowych wersji publikacji, w których przedstawiono wyniki badań uzyskanych na spektrometrach. 

 

9. Rezerwacja pomiarów przez przeszkolonych użytkowników 

Rezerwacja pomiarów odbywa się za pomocą formularza dostępnego na stronie internetowej Laboratorium: 

(http://mslab.chem.uni.wroc.pl/rezerwacja-pomiarow/day.listevents/2023/02/15/-.html). 

Dopuszcza się zmiany w zarezerwowanym czasie pomiarowym z uwagi na konieczność przeprowadzenia prac serwisowych lub zajęć dydaktycznych.  

 

10. Dane pomiarowe 

Pracownia dysponuje dostępem do danych pomiarowych w ramach jednolitego systemu przechowywania/udostępniania elektronicznych wyników pomiarów Laboratoriów Wydziałowych. Dane pomiarowe udostępniane są w folderach własnych zleceniodawców po zakończeniu analizy. 

 

11. Koszty pomiarów komercyjnych 

Koszty analiz ustalane są indywidualnie i zależą od stopnia złożoności próbki, rodzaju wykonywanej analizy (ESI-MS, MS/MS, MSn, LC-MS) oraz konieczności przygotowania próbek, czasu trwania analiz i wynosi on: 

 

 

 
 
 
 
 
 

RODZAJ ANALIZY 
 
 
 
 
 

CENA 
 
 
 
 
 

Przygotowanie próbki, analiza ESI-MS 
 
 
 
 

80 PLN 
 
 
 
 
 

Przygotowanie próbki, analiza ESI-MS/MS 
 
 
 
 

120 PLN 
 
 
 
 
 

Przygotowanie próbki, analiza ESI-MS3 
 
 
 
 

160 PLN 

 

 

 

 

 

Pomiary z jonizacją APCI - jonizacja chemiczna pod ciśnieniem atmosferycznym

  • Drukuj

Szanowni Państwo,

Z przyjemnością informujemy, że w Laboratorium Spektrometrii Mas możliwe jest już wykonywanie pomiarów z użyciem jonizacji chemicznej pod ciśnieniem atmosferycznym (APCI). Zakup źródła został sfinansowany w ramach organizowanego przez IDUB konkursu na doposażenie laboratoriów wydziałowych. Nasz wniosek zajął wówczas pierwsze miejsce!

W najnowszej wersji zlecenia pomiarów można już wybrać opcję APCI bądź ESI.

Jonizacja chemiczna pod ciśnieniem atmosferycznym (APCI) jest techniką analityczną o rosnącym znaczeniu. Jonizacja ta pozwala wykrywać substancje o zbyt malej polarności dla źródła typu elektrosprej (ESI). Jednak w przeciwieństwie do rutynowo stosowanej techniki ESI niska lotność i podatność próbki na rozkład termiczny nie stanowi przeszkody w stosowaniu tej techniki. Według doświadczeń grup badawczych zajmujących się syntezą organiczną te metoda umożliwia uzyskanie wysokiej jakości widm MS dla substancji, których jonizacja techniką ESI nie jest zadowalająca.

 

Ladies and Gentlemen, We are pleased to announce that measurements involving chemical ionization at atmospheric pressure (APCI ionization) are now possible in the Mass Spectrometry Laboratory. The acquisition of the source was financed as a component of a competition aimed at enhancing faculty laboratories, which was arranged by IDUB. Our application was awarded the first-place position.

In the latest version of the measurement order, you can now select the APCI or ESI option.
 
The technique of atmospheric pressure chemical ionization (APCI) is gaining increasing significance in the field of ionization techniques. This ionization technique allows the detection of substances with a low polarity for an electrospray source. Nonetheless, in contrast to the conventionally employed ESI technique, the low volatility and susceptibility of the sample to thermal decomposition do not pose a hindrance to the utilization of this technique. According to the experience of research groups dealing with organic synthesis, this method allows for obtaining high-quality spectra for substances whose ionization using the ESI technique is unsatisfactory.

Więcej artykułów…

  1. Cennik
  2. Rezerwacja czasu pomiarowego
  3. Źródło jonów_awaria usunięta_Ion source failure resolved

Podkategorie

MSPeaks.jpg

W ramach jednolitego systemu przechowywania/udostępniania elektronicznych wyników pomiarów z laboratoriów wydziałowych istnieje możliwość pobierania danych pomiarowych z Laboratorium Spektrometrii Mas. Dostęp do plików możliwy jest głównie poprzez protokół ftp (w tym bezpieczny wariant wykorzystujący szyfrowane połączenie z wykorzystaniem mechanizmu TSL/SSL: połączenia typu ftps lub ftpes):

  • serwer: labs.chem.uni.wroc.pl
  • użytkownik: Ten adres pocztowy jest chroniony przed spamowaniem. Aby go zobaczyć, konieczne jest włączenie w przeglądarce obsługi JavaScript.
  • hasło: identyczne jak do poczty wydziałowej

Dane pomiarowe można także pobierać korzystając z serwera FTP. Jest to zalecany i preferowany sposób odbioru widm, zwłaszcza jeśli ktoś często zleca wykonanie większej ilości pomiarów. Aktualne adresy IP, wraz z numerami portów, służące do połączeń FTP:

  • Shimadzu IT-TOF: 192.168.0.140:50008
  • Shimadzu qTOF: 192.168.0.141:50013

Warunkiem skorzystania z tej możliwości jest posiadanie konta na serwerze (osobne konto dla każdego z aparatów). Osoby zainteresowane prosimy o kontakt z dr Markiem Cebratem (tel. 7-151, pok. 253B).

ShoppingASEhandelASErhvervIndexDKServiceIndexDK